echo '<script>$(function(){$("#globalLinks a").each(
	  function(){$(this).attr("target", "_blank");}
	  )});
	  </script>';

Чтобы заработал этот пример необходимо еще подключить jquery. Либо же напишите аналог на чистом javascript.

Javascript можно вывести здесь же, но желательно это сделать в _header.tpl, там же можно подключить и jquery.

Но не понял, как сделать так, чтобы ссылки открывались в новом окне.